从组织结构上看，附睾管上皮是由两种细胞组成：一种叫基细胞，其顶部离附睾管腔有一定距离，在附睾各部分，其形态没有差别，一般认为是贮备细胞；另一种叫主细胞，是维持附睾生理功能的物质基础，在各区段的主细胞形态结构差别很大，这也反映出各区段的生理功能的差异。除上皮细胞外，附睾的管壁组织结构也有规律性的变化，附睾管起始段平滑肌有自发地节律性收缩，而尾部平滑肌就没有这种特点，仅在射精一瞬间出现强烈的节律收缩。那么，附睾管究竟为什么会有那么长呢？原来，附睾管不仅有输出包含精子的少量液体的作用，而且还是精子贮藏、成熟的场所。具体说，附睾具有以下主要生理功能。
一、吸收功能
睾丸的支持细胞每天能产生大量睾网液，如一只公羊每天约能分泌４０毫升睾网液，而从附睾排出的只不过几百微升，也就是说睾丸分泌液有９９％被附睾上皮重新吸收回体内。动物实验表明，结扎输精管时睾丸不会肿胀，但若结扎睾丸输出小管，睾丸第二天就会肿胀，这就充分证实了附睾存在着强有力的吸收功能，可是重新吸收的意义尚不清楚。
二、分泌
营养物质，促使精子成熟
附睾分泌功能很强，能分泌甘油磷酸胆碱、肉毒碱、糖蛋白及多种酶，这些物质与精子的代谢、成熟和正常生理功能有关。精子在附睾管内决不是单纯地停留、路过，而是在漫长的旅途中，不断吸收附睾管壁分泌的营养物质，如肉毒碱等，继续发育直到成熟状态。附睾中肉毒碱的浓度可为血液中的５００倍。动物实验表明，如果去除附睾管，把输精管直接与睾丸输出小管吻合，经输精管排出的精子不具备受精能力。如果把输精管与附睾始端的１厘米左右处吻合，则排出的精子具有活力和受精能力。这就说明附睾管头部对精子成熟来说是绝对必要的。附睾管分泌的甘油磷酸胆碱与维持附睾尾部的高渗微环境有关，同时也可作为精子在女性生殖道内的能源，因女性生殖道内有一种酶，可将甘油磷酸胆碱分解成乳酸和果糖。
三、贮存精子
精子进入附睾后，一般要逗留大约１９-２５天，精子到达附睾尾，如未能及时排出，则先贮存于尾部。由于附睾管腔内的特殊环境，其液体性质偏酸，渗透压非常高，氧含量低、二氧化碳含量高，使精子处于静息状态，以便贮积能量。精子在附睾尾部可存活２８天或更久。
四、分泌功能
附睾液中雄激素含量很高，除来自血循环和睾丸分泌的睾网液体，最近的研究发现，附睾上皮本身也能分泌少量雄激素。
五、免疫屏障作用
附睾本身有一种屏障作用，它可以防止精子进入附睾上皮内，以免发生自身免疫反应。输精管结扎后，这种屏障有可能遭到破坏，于是精子表面的特殊大分子物质（抗原）与机体内的免疫系统相接触，就会发生输精管结扎术后的副反应--精子抗原的自身免疫反应。简单地说，就是体内产生一种物质（免疫球蛋白或叫抗体），能起到抑制精子活动或杀死精子的作用。
